在军队中朱元璋设置前后左右中五军元帅府，每军帅府中，皆设先锋官。这些元帅和先锋在攻城掠地之后，有委以当地镇守官者，仍为五军元帅或先锋。

还组建了左右兵马司，负责监视文臣武将，也派探子去全国各地探索情报，绘画地图以求他日能顺利的横扫天下，左右兵马司也就是日后锦衣卫的雏形机构。

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