在当时，江西南部三峒里发生变乱，赣南数百里地方反叛军乱成一片。而宋慈到了那里之后，以区区三百官军就大破石门寨，俘获了敌酋，因战功卓著而“特授舍人”。

在这之后，宋慈等到这次的任期届满之后，江西提点刑狱使叶宰又立刻聘用宋慈为他的幕僚。

不久，宋慈又进入福建路招捕使陈韡的幕府，参加了平定闽中的叛乱。

在那里，宋慈又发挥出了他的才能，史书上说他：“提孤军从竹洲进，且行且战三百余里”，取得了骄人的战绩！